陈异晖 院 长：全面负责院行政、业务工作。
郭俊梅 书 记：全面负责院党建工作。
吴学灿 副院长：分管高原湖泊研究中心、生态环境保护研究中心、环境工程设计研究中心、固体废物防治研究中心、学术委员会、《环境科学导刊》。
李文强 副书记兼纪委书记：协助院党委书记工作，负责院纪委工作，分管院办公室、党委办公室及老干、工青妇、统战工作。
余艳红 副院长：分管计划财务部、科研发展与管理部、环境规划研究中心、环境风险防控与应急技术研究中心、环境经济研究中心、生态环保智库。
王 健 副院长：分管土壤环境保护研究中心、大气环境保护研究中心、低碳技术研究中心、环境分析测试中心、云南省环境地方标准技术委员会、基建办公室。
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